Kết quả nghiên cứu của Goncharov và ctv. (2003)[2] xác nhận tính đơn ngành của bộ Desmidiales. Tuy nhiên, phân loại như truyền thống trong phạm vi bộ này thì lại không đơn giản như vậy. Trong đó hai họ Closteriaceae và Gonatozygaceae là đơn ngành[2][6], còn họ Peniaceae thì cận ngành với họ Desmidiaceae, mặc dù cả hai họ này hợp lại thành một nhánh đơn ngành. Như thế khái niệm về 2 họ Peniaceae và Desmidiaceae cần được xem xét lại[6].

Cây phát sinh chủng loài dưới đây lấy theo Goncharov và ctv. (2004)[6]: